Európska únia tvorí súčasne aj colnú úniu, pri importe z 3. krajín má importér možnosť výberu členskej krajiny, v ktorej si chce nechať importovaný tovar precliť a pustiť do voľného obehu. Keďže daň z obratu po importe prináleží členskej krajine a sa v každom členskom štáte líši, špeciálne nariadenie zabezpečuje, že v prípade importu sa DPH platí v členskom štáte, v ktorom sa importovaný tovar pustí do obehu. V prípade, tovar sa preclieva v inom členskom štáte ako v ktorom sa pustí do obehu, importovaný tovar je potom oslobodený od zaplatenia dane v danom členskom štáte, v ktorom sa preclieva.

So zámerom zjednodušenia uplatňovania zákona o DPH pre zahraničných podnikateľov, ktorí dovážajú tovar z tretích štátov cez Slovenskú republiku do iného členského štátu bol do zákona o DPH s účinnosťou od 1.1.2005 doplnený nový § 69a upravujúci daňového zástupcu pri dovoze tovaru. Zjednodušenie spočíva v tom, že dovozca, ktorý je zahraničnou osobou a nie je platiteľom dane podľa zákona o DPH sa vo veci uplatnenia oslobodenia od dane podľa § 48 ods. 3 zákona o DPH nemusí registrovať za platiteľa dane na Daňovom úrade Bratislava I, ale  môže sa dať zastúpiť daňovým zástupcom. Daňovým zástupcom môže byť len platiteľ dane so sídlom alebo bydliskom v tuzemsku. Dovozca – zahraničná osoba, ktorá dováža  tovar z tretieho štátu cez Slovenskú republiku do iného členského štátu pre osobu identifikovanú pre daň v inom členskom štáte  od 1.1.2005 môže pri uplatnení oslobodenia od dane podľa § 48 ods. 3 zákona o DPH  postupovať dvomi spôsobmi:

1.     zaregistruje sa na Daňovom úrade Bratislava I za platiteľa dane a uplatňuje práva a plní povinnosti vyplývajúce zo zákona o DPH,

2.     dá sa zastúpiť daňovým zástupcom – platiteľom dane so sídlom alebo bydliskom v tuzemsku.

Ak si dovozca, ktorý je zahraničnou osobou, zvolí daňového zástupcu, nie je povinný podať žiadosť o registráciu pre daň podľa § 5 zákona o DPH.

Inštitút daňového zástupcu je možné využiť len v prípade, ak zahraničná osoba cez územie tuzemska dováža tovar z tretieho štátu, pričom sa ten istý tovar dodáva osobe identifikovanej pre daň do iného členského štátu. Ak bol tovar prepustený do voľného obehu v tuzemsku  a následne bol  spracovaný  na iný tovar, nie je možné oslobodiť dovoz tovaru podľa § 48 ods. 3 zákona o DPH, pretože z tuzemska do iného členského štátu nebude dodaný ten istý tovar, ktorý bol dovezený z tretieho štátu.

Príklad:

Český podnikateľ – osoba identifikovaná pre daň v Českej republike si dovážal tovar z Ukrajiny cez Slovenskú republiku do Českej republiky. V Slovenskej republike bol tovar prepustený do voľného obehu. Keďže český podnikateľ bol v tuzemsku zastúpený daňovým zástupcom registrovaným v tuzemsku a tovar bol určený pre osobu identifikovanú pre daň v Českej republike, colný orgán po preukázaní týchto skutočností nevymeral  českému  dovozcovi  daň  z dovozu tovaru.  Dovoz  tovaru bol oslobodený od dane podľa § 48 ods. 3 zákona o DPH. Český podnikateľ podal daňové priznanie za príslušné zdaňovacie obdobie v súlade so platnými zákonmi v Českej republike. V prípade, že by to bol preclieval v Českej republike, colné orgány by mu boli daň z dovozu  vyrubili okamžite.